Το Συμβούλιο του Ινστιτούτου MountMed αποτελεί το ανώτατο διοικητικό όργανο του Ινστιτούτου. Είναι υπεύθυνο για τη διαχείριση και τον έλεγχο των διοικητικών και οικονομικών υποθέσεων, καθώς και της περιουσίας του Ινστιτούτου. Επιπλέον είναι αρμόδιο για την εφαρμογή της στρατηγικής του Ινστιτούτου, σε στενή συνεργασία με το Επιστημονικό Συμβούλιο. Το Συμβούλιο αποτελείται από κορυφαίες προσωπικότητες του ακαδημαϊκού, πολιτικού και επιχειρηματικού κόσμου:
Γιώργος Λακκοτρύπης, Πρόεδρος
Γιώργος Δαϋίδ
Ιωνάς Νικολάου
Μιχάλης Παπαδόπουλος
Ανδρέας Χρίστου
Γιαννάκης Παπαδούρης